Despues de muchos intentos y buscar bastante en Google, encontre el por que el Tomcat que instale en modo prueba no subia la aplicación CAS. CAS es una aplicación en Java con el objetivo de centarlizar la autenticación de usuarios a aplicaciónes webs, es mas bien lo que se conoce como Single Sign On (SSO), los primeros intentos fueron en Debian, luego de llegar a pensar que era la aplicación que tenia problemas lo intente en Windows 2003 Server y si cargo la aplicación lo que me olbligo a seguir adelante usando Win2k3 como sistema operativo, luego de varios problemas con la aplicacion en ese entorno y buscando en el Wiki de JASIG, me doy cuenta que el mejor OS para hacer la instalación es Linux asi que vuelvo a mis pruebas pero me encuentro con el mismo problema y es que coloco el .war en el directorio webapps de Tomcat, Tomcat descomprime la aplicación pero no la carga, segui buscando en la Internet y hoy doy con los pasos de como hacer la instalación de una aplicacion con Tomcat como enginie y para mejor sorpresa la instalación en el tutorial esta basada en Debian/Ubuntu, para mi suerte en ese tutorial ahi varios pasos que no aparecen en ningun otro, como por ejemplo, la primera instalación de Tomcat que hice fue usando como guia un pequeño tutorial en DebianAdmin [ http://www.debianadmin.com/how-to-setup-apache-tomcat-55-on-debian-etch.html ] y solo es sobre la instalación de Tomcat, de alguna forma es lo mas basico ya que no importó donde colocaba el .war nunca era cargado por Tomcat y solo en 1 webapps era descomprimido y no funcioanba tampoco, luego encontre otro enlace en un blog de Opera [ http://my.opera.com/subjam/blog/index.dml/tag/Tomcat ] que no terminaba de aclararme el asunto. Por ultimo encontre el tutorial de isntalación de GRIA, no entiendo bien que es esta aplicación pero por suerte ellos si documentaron mejor la instalación de Tomcat en Debian!!!! [ http://www.gria.org/documentation/5.1/manual/service-installation-manual-all-services/operating-system-specific-instructions/installing-gria-on-ubuntu-debian ], ahora solo falta volver a realizar la instalación pero esta vez en un entorno de producción para luego conectarla a Active Directory, hacer las modificaciones necesarias a las aplicaciónes webs y por ultimo disfrutar de un sistema de autenticación centralizado!!!